En 1680 el líder religioso Popé fijó su residencia en Taos, y desde allí planeó y puso en marcha un levantamiento coordinado por todo el norte de Nuevo México contra los españoles, que se conoció como la Rebelión Pueblo. La revuelta expulsó a los españoles de la región durante 10 años, hasta la Reconquista dirigida por Don Diego de Vargas en 1692. Taos no se sometió hasta 1695, aunque luego se rebeló al año siguiente antes de ceder finalmente. En 1696 Vargas encontró la misión en un estado ruinoso y utilizada como establo. Según informó, tan destruida como para no poder ser reconstruida. Los sacerdotes aún recelaban de la región y no regresaron al pueblo inmediatamente después de la campaña de Vargas. Más tarde, en 1706, los franciscanos volvieron y, según informó Fray Juan Álvarez, comenzaron la reconstrucción de la iglesia. En 1726 se finalizó la iglesia de adobe, que se mantuvo hasta 1846.
La tercera iglesia fue construida en adobe, contaba con un campanario cuadrado, y se encontraba situada fuera de los dos complejos que formaban el pueblo a cada lado del río. La misión se convirtió en el centro de un nuevo levantamiento en 1846, cuando mexicanos e indios, resistiendo la toma estadounidense del territorio durante la guerra mexicano-estadounidense, mataron al nuevo gobernador estadounidense Charles Bent y marcharon sobre Santa Fe. Las tropas gubernamentales y voluntarios marcharon sobre Taos y atacaron a los mexicanos e indios disidentes que se habían refugiado en la iglesia de San Gerónimo. La iglesia, con paredes de 3-7 pies de espesor, se convirtió en una formidable fortaleza. El primer día, las balas de cañón estadounidenses tuvieron poco efecto contra el grueso adobe. Al ver que el bombardeo no resultaba, los siguientes días las fuerzas lideradas por el Coronel Price se concentraron en incendiar el tejado y asaltar el edificio. Las fuerzas estadounidenses tomaron el pueblo y dos años después se formalizó la anexión de Nuevo México por el Tratado de Guadalupe de 1848. La iglesia en ruinas, plagada de balas de cañón, se abandonó y se construyó una nueva en 1850.